Sau năm 1945, ông tham gia chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã từng giữ các chức vụ: Giám đốc Nha Pháp chính, rồi Đổng lý Văn phòng Bộ Nội vụ (22/3/1946, thay ông Hoàng Minh Giám)[2]

Phạm Khắc Hòe còn tham gia các cuộc đàm phán Việt - Pháp ở Đà Lạt và Phông-ten-bờ-lô với tư cách cố vấn kiêm Tổng thư ký Đoàn đại biểu Việt Nam.

Tháng 12 năm 1946, Phạm Khắc Hòe bị quân Pháp bắt ở Hà Nội. Tháng 8 năm 1947, ông thoát khỏi và được đưa ra vùng Việt Bắc và trở lại chức vụ Đổng lý Văn phòng Bộ Nội vụ (4/1950, Phó Đổng lý Văn phòng là Trần Hữu Dực, Đào Văn Biểu).

Từ tháng 12 - 1957, ông giữ chức vụ Vụ trưởng vụ Pháp chế Phủ Thủ tướng cho đến khi về hưu (tháng 10 - 1964).

Ông còn là Hội viên Hội Nhà văn Việt Nam, Ủy viên Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.